Institución surgida como el primer club criollo de América del Sur, tricampeona del mundo y protagonista histórico hegemónico del fútbol uruguayo.
El 14 de mayo de 1899, en la residencia de Ernesto Caprario ubicada en la calle Soriano 99 de Montevideo, directivos y jugadores del Uruguay Athletic y del Montevideo Football Club firmaron su fusión ante el dominio británico en el deporte local. Esta unión fundó el Club Nacional de Football, instituyéndose como la primera entidad del continente creada íntegramente por pobladores criollos. Domingo Prat fue el primer presidente y adoptaron los colores rojo, azul y blanco en referencia a la bandera de José Gervasio Artigas.
El 13 de septiembre de 1903, la naciente selección nacional de Uruguay debía enfrentarse a Argentina en Buenos Aires. Ante la negativa de los jugadores del CURCC de asistir, la Asociación Uruguaya recurrió al plantel completo de Nacional para competir en representación oficial del país. Comandados por los hermanos Amílcar y Bolívar Céspedes, el equipo triunfó 3-2, sellando la primera victoria internacional en la historia del fútbol uruguayo.
Bajo la dirección técnica de Washington Etchamendi, la institución quebró su sequía internacional coronándose campeona de su primera Copa Libertadores tras vencer a Estudiantes de La Plata, con actuaciones destacadas de Luis Artime y Julio César Morales. En diciembre, Nacional se adjudicó la Copa Intercontinental al superar al Panathinaikos de Grecia (subcampeón europeo que reemplazó al Ajax), sellando el primer campeonato mundial oficial del club.
El club cimentó su segundo ciclo dorado continental venciendo en la final de la Copa Libertadores al SC Internacional de Brasil. Posteriormente, bajo el liderazgo de Hugo De León y Waldemar Victorino, Nacional inauguró el formato a partido único de la Copa Intercontinental en el Estadio Nacional de Tokio el 11 de febrero de 1981, venciendo por 1-0 al Nottingham Forest de Inglaterra con un gol de Victorino a los 10 minutos.
Tras superar a Newell's Old Boys y obtener su tercera Copa Libertadores, el plantel conducido por Roberto Fleitas viajó a Japón para enfrentar al PSV Eindhoven de Holanda por la Copa Intercontinental. Luego de un empate 2-2 en tiempo reglamentario y alargue, con un doblete de Santiago Ostolaza, el arquero Jorge Seré fue determinante en la tanda de penales, definida por Tony Gómez para colocar el tercer título mundial en el palmarés de la institución.