Institución pionera del interior uruguayo en integrarse al profesionalismo de la capital, reconocida por ser el primer club nacional administrado bajo el modelo de Sociedad Anónima Deportiva.
El 25 de agosto de 1928, bajo el entusiasmo por la consagración olímpica de la selección uruguaya en Ámsterdam, un grupo de vecinos de Maldonado liderado por Ginés Cairo Medina y Juan Delfino fundó una nueva institución deportiva en una tertulia de bar. El nombre original registrado en actas fue Batacazo Football Club, adoptando inalterablemente los colores verde y rojo desde sus primeras competiciones.
El 27 de junio de 1932, los socios directivos convocaron a una asamblea formal con el objetivo de dotar a la institución de una identidad más representativa del departamento. En esa reunión votaron el cambio de nombre a Club Deportivo Maldonado. A partir de esta modificación, el club afianzó su participación permanente en la Liga Departamental de Fútbol, destacándose en el circuito amateur del este.
Tras competir durante décadas en la Organización del Fútbol del Interior (OFI), la dirigencia desafilió al equipo para solicitar su ingreso a la Asociación Uruguaya de Fútbol en Montevideo. Al ser aceptados en la Segunda División Profesional, Deportivo Maldonado se convirtió en el primer club del interior de la República en competir formalmente dentro del esquema del fútbol rentado de la capital.
A fines de 2009, para resolver el estancamiento financiero y atraer inversión, los directivos aprobaron la creación de Deportivo Maldonado S.A.D. En enero de 2010 se firmó el acuerdo transfiriendo la administración total del fútbol a la empresa, documentando así la primera aplicación legal y operativa de una Sociedad Anónima Deportiva en la historia del fútbol profesional uruguayo.
Bajo la dirección técnica de Francisco Palladino, el club completó una espectacular campaña en 2022 obteniendo el tercer puesto en la Tabla Anual acumulada de Primera División. Esta histórica sumatoria le otorgó al club la primera clasificación a torneos de la Conmebol, asegurando la disputa de la Fase 2 de la Copa Libertadores 2023, donde se enfrentaron oficialmente al club Fortaleza de Brasil.