Institución surgida de la escuela pública en la Curva de Maroñas, reconocida históricamente como 'La Universidad del Fútbol' por su prolífica cantera de jugadores internacionales.
El 1 de marzo de 1932, los hermanos Juan y Miguel Lazaroff, junto a un grupo de alumnos de la escuela pública de la zona, fundaron el club en la plaza de la Curva de Maroñas en Montevideo. María Mincheff de Lazaroff, madre de los fundadores de origen búlgaro, sugirió el nombre 'Danubio' en homenaje al río europeo. Miguel Lazaroff fue elegido como el primer presidente de la institución deportiva.
Tras competir en ligas barriales durante sus primeros catorce años, el club ingresó a las divisiones de ascenso de la Asociación Uruguaya de Fútbol. En 1947, el primer equipo superó a sus competidores y se coronó campeón de la Primera División 'B', obteniendo el ascenso directo que habilitó su participación en el Campeonato Uruguayo de Primera División a partir de la temporada 1948.
El 25 de agosto de 1957, la dirigencia concretó la apertura oficial de su estadio propio, construido de manera comunitaria en los terrenos aledaños al hipódromo de Maroñas. La jornada inaugural quedó registrada con un evento de programación doble: un enfrentamiento nacional ante el Club Nacional de Football por la mañana, y un encuentro internacional frente a Cerro Porteño de Paraguay por la tarde.
Bajo la conducción técnica del entrenador Ildo Maneiro, el club documentó la campaña con mayor porcentaje de victorias del año, adjudicándose el Torneo Competencia y posteriormente el Campeonato Uruguayo absoluto. El plantel estuvo fundamentado en futbolistas surgidos de sus formativas, como Rubén Da Silva y Edison Suárez, incorporando el primer trofeo de la máxima categoría al palmarés del club.
Con la dirección táctica de Gerardo Pelusso, el equipo culminó la temporada empatado en la primera posición, forzando un partido de desempate por el título frente al Club Nacional de Football en el Estadio Centenario. El encuentro finalizó con una victoria formal de Danubio por 1-0 gracias a un gol del delantero Diego Perrone en el tiempo de descuento, asegurando el segundo Campeonato Uruguayo de su historia.