Organización deportiva originada bajo tutela departamental en el siglo XXI, logrando la inserción y consolidación estable del interior del país en la máxima categoría del fútbol uruguayo.
El 19 de noviembre de 2002, como resultado de una planificación logística orientada a otorgar representación formal al interior del país dentro de los torneos profesionales de la AUF, se constituyó el Cerro Largo Fútbol Club en la ciudad de Melo. El proyecto dictaminó en su acta la adopción de los colores azul y blanco, coincidentes con la bandera del departamento. El formato de actividades incluyó la concesión del Estadio Municipal Ubilla como sede oficial.
Transcurridos seis años de participación ininterrumpida en la Segunda División Profesional, el plantel superior obtuvo los puntos requeridos en el cierre de la temporada 2007-2008. Mediante la superación de una agónica fase eliminatoria ante El Tanque Sisley, el club consolidó su inclusión legal en la Primera División de Uruguay, asumiendo su primera etapa estable en la máxima instancia del fútbol nacional.
En el marco de la temporada 2011-2012, el equipo mayor dirigido por el entrenador Danielo Núñez sumó cincuenta y cuatro puntos en la Tabla Anual, ocupando la cuarta posición general estadística. Este puntaje autorizó de manera directa la primera clasificación a un torneo internacional, la Copa Sudamericana 2012. El conjunto de Melo ofició su serie inicial enfrentando al Club Aurora de Bolivia en partidos de ida y vuelta.
Condicionado por variaciones temporales en las tablas de descenso que lo habían devuelto al ascenso, Cerro Largo completó el Campeonato Uruguayo de Segunda División Profesional de 2018 finalizando en la primera ubicación. Al terminar con el puntaje más alto, la plantilla oficializó la captura de la copa nacional, documentado como el primer título unificado radicado en la sede del equipo, garantizando su retorno definitivo a Primera.
Tras lograr una histórica campaña en la Primera División de 2019, obteniendo el tercer puesto en la Tabla Anual con ochenta y nueve puntos ponderados, el club ratificó su pasaje a las fases preliminares de la Copa Libertadores de 2020. Bajo requerimiento de Conmebol, el equipo enfrentó la instancia ante Palestino de Chile, debiendo operar su localía temporalmente en Maldonado, donde culminaron igualados a un tanto.