El Moreirense Futebol Clube fue fundado el 1 de noviembre de 1938 en Moreira de Cónegos, una pequeña freguesía (parroquia civil) perteneciente al municipio de Guimarães. La institución fue creada por un grupo de trabajadores textiles y entusiastas deportivos de la localidad, quienes buscaban organizar una entidad que canalizara la pasión futbolística del pueblo y le diera una identidad propia, independiente de los grandes clubes de la ciudad principal. Los fundadores adoptaron los colores verde y blanco, diseñando un escudo que incorporaba el característico patrón ajedrezado. El club nació como una expresión de orgullo villano, construyendo con esfuerzo comunitario su modesto recinto, el cual décadas más tarde sería remodelado y bautizado como Parque de Jogos Comendador Joaquim de Almeida Freitas, en honor al principal mecenas industrial de la región.
Durante más de sesenta años, el Moreirense compitió en el anonimato del fútbol no profesional y las divisiones regionales del distrito de Braga. El brutal punto de inflexión en la historia del club ocurrió en los albores del siglo XXI. Tras lograr consolidarse en la Segunda Divisão B (tercera categoría), el equipo logró el ascenso a la Liga de Honra en 2001. De manera absolutamente inesperada, en la temporada 2001-02 y bajo la brillante conducción táctica del entrenador Vítor Oliveira, el Moreirense se coronó campeón de la segunda división portuguesa. Este logro homérico garantizó el primer ascenso de su historia a la Primeira Liga, convirtiendo a Moreira de Cónegos (una aldea de apenas 5.000 habitantes) en una de las localidades más pequeñas de Europa en albergar fútbol de máxima categoría.
Tras más de una década de inestabilidad, oscilando con múltiples ascensos y descensos entre las tres principales categorías del país, el Moreirense consumó la gesta más grande y surrealista de su historia institucional. El 29 de enero de 2017, el modesto equipo dirigido por el veterano técnico Augusto Inácio disputó la Final Four de la Taça da Liga (Copa de la Liga de Portugal) en el Estádio do Algarve. Contra todos los pronósticos y presupuestos, eliminaron en semifinales al multicampeón SL Benfica con un rotundo 3-1. En la gran final, vencieron por 1-0 al poderoso SC Braga gracias a un solitario gol de penal del brasileño Cauê. Este milagroso triunfo otorgó al Moreirense el primer y único trofeo mayor de toda su historia, inscribiendo su nombre en letras de oro en el palmarés nacional.
Lejos de conformarse con el milagro copero, el club logró estabilizar su proyecto deportivo e institucional de forma inédita. Durante la temporada 2018-19, bajo la dirección del entrenador Ivo Vieira, el Moreirense desplegó un fútbol de posesión y ataque sumamente vistoso que sorprendió a todo el campeonato luso. El equipo finalizó la liga en una histórica sexta posición, logrando la mejor clasificación en los más de ochenta años de vida de la institución. Aunque problemas burocráticos con la licencia UEFA les impidieron disputar competiciones europeas, esa campaña marcó un antes y un después. Desde entonces, el Moreirense ha dejado de ser un 'club ascensor' para consolidarse firmemente como un participante respetable y sumamente competitivo en el exigente escenario de la Primeira Liga.