El Futebol Clube de Famalicão fue fundado el 21 de agosto de 1931 en la ciudad industrial de Vila Nova de Famalicão, situada en el distrito de Braga. La creación de la institución fue impulsada por un grupo de notables locales liderado por José de Carvalho y Joaquim Meneses de Aguiar. El motivo principal de la fundación fue unificar a la juventud deportiva de la ciudad bajo una única y poderosa entidad que pudiera representar el orgullo del municipio a nivel nacional, superando la fragmentación de los pequeños equipos de barrio existentes en la época. Adoptando los colores azul y blanco, el club comenzó su andadura en el modesto Campo da Berberia, forjando rápidamente una identidad de equipo aguerrido que, pocos años después, encontraría su hogar definitivo en el recién construido Estádio Municipal 22 de Junho, inaugurado en 1952 para honrar la fecha de emancipación del municipio.
Tras décadas oscilando entre la segunda y la tercera división, con una breve aparición en la élite en los años cuarenta, el Famalicão experimentó su primera gran época dorada a principios de la década de 1990. Bajo el impulso de la directiva y una ferviente masa social que llenaba sistemáticamente el estadio, el equipo regresó a la Primeira Divisão en 1990. Durante la temporada 1991-92, el conjunto famalicense se consolidó como el 'mata-gigantes' del torneo, combinando solidez defensiva con un ataque dinámico. Ese mismo año, firmaron una histórica campaña en la Taça de Portugal, eliminando a equipos de renombre para alcanzar las semifinales del torneo, donde cayeron ajustadamente. Este ciclo de cuatro años en la máxima categoría sentó las bases de la mística del club en el norte de Portugal.
El descenso de categoría en el verano de 1994 desató un efecto dominó catastrófico para la institución. La pérdida de ingresos televisivos y una deficiente gestión administrativa sumieron al Famalicão en una grave crisis financiera. Durante las siguientes dos décadas, el club experimentó un brutal declive deportivo que lo llevó a abandonar las ligas profesionales e incluso caer hasta las ligas distritales amateur de la Asociación de Fútbol de Braga a principios de los años 2000. A pesar de encontrarse en el abismo del sistema de ligas y al borde de la quiebra técnica, la institución logró sobrevivir única y exclusivamente gracias a la incondicionalidad de su núcleo de aficionados y al apoyo logístico de pequeños comerciantes locales, quienes impidieron la extinción legal del club durante sus años más oscuros.
El renacimiento absoluto del club se gestó en 2018, cuando el fondo de inversión internacional Quantum Pacific Group, liderado por el multimillonario Idan Ofer, adquirió el control mayoritario de la Sociedad Anónima Deportiva (SAD) del Famalicão. Esta masiva inyección de capital, sumada a una alianza estratégica de captación de talentos, transformó al equipo de la noche a la mañana. En la temporada 2018-19 consiguieron el ansiado retorno a la Primeira Liga. En su campaña de regreso (2019-20), el equipo conmocionó al país al liderar la tabla de posiciones de la primera división durante varias jornadas, finalizando en un histórico sexto lugar y regresando a las semifinales de la Taça de Portugal. Desde entonces, el FC Famalicão se ha consolidado como uno de los proyectos deportivos más sólidos e innovadores de Portugal, actuando como un puente de élite para jóvenes promesas internacionales.