El Grupo Desportivo Estoril Praia fue fundado el 17 de mayo de 1939 por Fausto Figueiredo, un acaudalado magnate empresarial, dueño de la línea ferroviaria Lisboa-Cascais, del famoso Casino de Estoril y de los grandes hoteles de lujo de la Riviera portuguesa. Junto a João y Reinaldo Duarte, Figueiredo concibió el club como un proyecto deportivo diseñado para complementar el enorme atractivo turístico y elitista de la región costera de Cascais. Desde su acta fundacional, el club adoptó los colores amarillo y azul para su indumentaria, en una representación visual y poética del sol incandescente y las playas cristalinas del Atlántico que caracterizan a Estoril. Ese mismo año, el equipo estableció su localía definitiva en el recién construido Estádio António Coimbra da Mota, terrenos cedidos por la familia homónima para anclar al nuevo club en la geografía local.
Apenas un lustro después de su fundación, el Estoril Praia sorprendió al establishment del fútbol nacional al alcanzar la gran final de la Taça de Portugal en la temporada 1943-44. En dicho partido, celebrado ante una multitud, cayeron ajustadamente 1-0 frente a un poderoso Sporting Clube de Portugal. Sin embargo, este inicio prometedor no se tradujo en una hegemonía sostenida. Durante la segunda mitad del siglo XX, el club adquirió la indeseada reputación de ser un equipo 'ascensor' o 'yo-yo'. El conjunto auriazul pasó casi medio siglo rebotando incesantemente entre la Primera y la Segunda División lusa. Figuras históricas como Fernando Santos, quien fue jugador y posteriormente entrenador del club en los años ochenta, lograron conseguir múltiples ascensos, pero la fragilidad económica y estructural siempre terminaba por condenar a la institución al descenso a corto plazo.
El destino de la institución cambió drásticamente en la temporada 2011-12 cuando la directiva apostó por Marco Silva, un exjugador recién retirado, como entrenador del primer equipo. Su impacto fue inmediato: logró el título de la Segunda Liga en 2012 y el consiguiente ascenso. En la campaña 2012-13, el Estoril rompió todos los pronósticos al finalizar en el quinto puesto de la Primeira Liga, clasificando por primera vez en su historia a competiciones europeas. Lejos de ser un espejismo, el equipo de Silva redobló la apuesta en la temporada 2013-14, logrando un histórico cuarto lugar (la mejor clasificación de su historia) y compitiendo en la fase de grupos de la UEFA Europa League, donde enfrentaron de igual a igual a clubes de jerarquía como el Sevilla FC, el PSV Eindhoven y el Panathinaikos, colocando a Estoril en el mapa futbolístico europeo.
Tras el histórico ciclo de Marco Silva, la estructura accionarial de la SAD (Sociedad Anónima Deportiva) experimentó profundos cambios, pasando primero a manos de la agencia deportiva brasileña Traffic y posteriormente al fondo de inversión estadounidense MSP Sports Capital. Esta transición financiera generó inestabilidad en el campo, culminando en un doloroso descenso a la segunda categoría en 2018. El ostracismo duró tres temporadas, hasta que en la campaña 2020-21, bajo la dirección técnica de Nélson Veríssimo, el equipo dominó abrumadoramente el torneo y se coronó campeón de la Liga Portugal 2, sellando su retorno a la élite. Desde entonces, el Estoril Praia ha logrado sostenerse en la Primeira Liga, reenfocando su modelo deportivo hacia la captación y desarrollo de talentos jóvenes, convirtiéndose en una plataforma formativa sumamente rentable en el fútbol ibérico.