El Casa Pia Atlético Clube fue fundado el 3 de julio de 1920 por un grupo de exalumnos de la centenaria institución benéfica y orfanato 'Casa Pia de Lisboa'. La creación del club fue impulsada por figuras que terminarían siendo pilares fundacionales del deporte nacional, destacando principalmente Cândido de Oliveira (quien más tarde fundaría el histórico diario A Bola y dirigiría a la selección nacional), junto a Ricardo Ornelas y Mário da Silva Marques. El objetivo principal era prolongar los lazos de fraternidad de los 'casapianos' mediante la práctica del fútbol organizado. Adoptaron un uniforme íntegramente negro, una decisión estética severa pero elegante, y eligieron como escudo el emblema histórico de la institución matriz: un pelícano alimentando a sus crías con su propia sangre, un antiguo símbolo cristiano de máxima caridad y sacrificio.
El impacto del Casa Pia en los albores del fútbol portugués fue fulgurante. En su primer partido oficial en la historia, disputado a fines de 1920, el recién formado equipo dio un golpe de autoridad sin precedentes al derrotar por 2-1 al ya poderoso Sport Lisboa e Benfica. Esta victoria catapultó el prestigio de la institución, que en la temporada de 1921 logró coronarse campeón invicto del Campeonato de Lisboa, superando a los gigantes de la capital. Durante la era amateur, el Casa Pia se consolidó como una de las potencias futbolísticas de Portugal. En 1938-39 formaron parte de la edición inaugural del Campeonato Nacional de la Primera División, aunque finalizaron en el último lugar, marcando el inicio de una larguísima y dolorosa ausencia en la máxima categoría del fútbol ibérico.
Tras el descenso en 1939, el club ingresó en un profundo ostracismo deportivo que se prolongó por más de ochenta años. La profesionalización del fútbol superó las capacidades económicas de un club de origen benéfico, obligando al Casa Pia a deambular interminablemente por las divisiones regionales, la tercera y la segunda categoría nacional. En agosto de 1954, la institución logró un hito de supervivencia al inaugurar el Estádio Pina Manique, un modesto recinto que se convirtió en su bastión y fortaleza espiritual. A pesar de la falta de éxitos en el primer equipo, el club mantuvo viva su esencia apostando por la formación de jóvenes talentos y su profunda labor social, hasta que a fines de la década de 2010, la llegada de inversores estadounidenses (el grupo liderado por Robert Platek) impulsó una reestructuración financiera que permitió el retorno a la Segunda Liga en 2019.
La inyección de capital y la profesionalización de la junta directiva rindieron frutos históricos en la temporada 2021-22. Bajo la brillante dirección táctica del entrenador Filipe Martins, el Casa Pia completó una campaña memorable en la Segunda Liga, finalizando en la segunda posición y asegurando el ascenso directo. Este logro significó el regreso de 'Los Gansos' a la Primeira Liga tras una ausencia récord de 83 años, el lapso más largo entre dos participaciones en primera división en la historia del fútbol europeo. En su campaña de retorno a la élite (2022-23), a pesar de contar con uno de los presupuestos más bajos del torneo y estar obligados a jugar como locales fuera de su estadio por requerimientos de infraestructura (utilizando el Estádio Nacional do Jamor), el equipo firmó una extraordinaria actuación finalizando en el décimo puesto, garantizando su permanencia y consolidando un milagro deportivo contemporáneo.