El Boavista Futebol Clube fue fundado el 1 de agosto de 1903 bajo el nombre de 'The Boavista Footballers'. La institución nació por iniciativa conjunta de un grupo de jóvenes portugueses y operarios ingleses que trabajaban en la fábrica textil británica 'William Graham', situada en el céntrico barrio de Boavista en la ciudad de Oporto. Los hermanos británicos Harry y Dick Lowe fueron figuras clave en los primeros días, aportando los primeros balones traídos directamente desde Inglaterra. Tras nacionalizar su nombre a 'Boavista Futebol Clube' en 1910 para permitir la inclusión exclusiva de socios portugueses, el club dio un paso identitario definitivo en 1933. Ese año, el presidente Artur Valença impulsó la adopción de la icónica y exclusiva camiseta de cuadros blancos y negros (ajedrezada), supuestamente inspirada en el equipo francés de rugby o fútbol al que había visto jugar durante un viaje, sentando las bases de una de las identidades visuales más inconfundibles de Europa.
Durante la década de 1970, el club abandonó su rol secundario en Oporto gracias a la alianza entre el carismático presidente Valentim Loureiro y el visionario entrenador José Maria Pedroto. Esta dupla construyó un equipo tácticamente vanguardista y de enorme fortaleza física que la prensa bautizó como el 'Boavistão'. Este bloque competitivo inauguró las vitrinas del club a nivel nacional, conquistando la Taça de Portugal en tres ocasiones casi consecutivas (1975, 1976 y 1979). El equipo mantuvo su estatus de alternativa real de poder en el fútbol luso durante las siguientes dos décadas, logrando dos nuevas Copas de Portugal en las temporadas 1991-92 y 1996-97, consolidándose como el indiscutible 'cuarto grande' del fútbol portugués y un participante recurrente en competiciones europeas.
El pináculo absoluto en la historia de la institución se alcanzó durante la inolvidable temporada 2000-01. Bajo la exigente dirección técnica de Jaime Pacheco, el Boavista armó un plantel aguerrido, cimentado en una agresividad táctica asfixiante y un contragolpe letal. Liderados en el campo por figuras de jerarquía como el mediocentro boliviano Erwin Sánchez, el talentoso Petit, el central Litos y el portero Ricardo, el conjunto ajedrezado lideró el torneo superando a los gigantes tradicionales. En la penúltima jornada, una victoria por 3-0 ante el Desportivo das Aves en el Estádio do Bessa desató la locura en Oporto, certificando el título de la Primeira Liga. El Boavista rompió así una hegemonía de 55 años ininterrumpidos en los que el título liguero había sido monopolizado exclusivamente por el Benfica, el Porto y el Sporting.
La época dorada llegó a un abrupto final en 2008 cuando el Boavista fue descendido administrativamente a la Segunda Liga como consecuencia de su supuesta implicación en el escándalo de corrupción arbitral conocido como 'Apito Dourado'. El descenso desencadenó una catastrófica crisis financiera que precipitó al equipo hasta la tercera división. Sin embargo, la directiva emprendió una incansable batalla en los tribunales ordinarios que culminó años después con sentencias que declararon nulo y sin fundamento jurídico el descenso decretado por la federación. En un acto de restitución sin precedentes, el Boavista fue reincorporado directamente a la Primeira Liga en la temporada 2014-15. Desde entonces, el club ha batallado arduamente contra sus deudas históricas para mantener la categoría, aferrándose al peso de su camiseta y a la incondicionalidad de su masa social en el renovado Estádio do Bessa.