Reconocidos en el país por la filosofía estética de su fútbol ofensivo y por ser los artífices de una de las palizas más humillantes en la historia de las finales holandesas contra el Ajax.
El club nació formalmente el 12 de junio de 1910 en el céntrico Hotel Koenders de Zwolle. Fue el producto de una fusión estratégica entre dos entidades amateur de la ciudad: Prins Hendrik (fundado en 1906 por la clase media) y Ende Desespereert Nimmer (creado en 1904 por trabajadores ferroviarios). Tras un intenso debate donde ninguna parte quería perder su identidad, el directivo Henk Steen propuso la solución salomónica: combinar ambos nombres bajo el acrónimo PEC (Prins Hendrik Ende Desespereert Nimmer Combinatie), uniendo a la ciudad para siempre.
Tras décadas compitiendo en el amateurismo y tras el establecimiento del fútbol profesional en los Países Bajos por parte de la KNVB, el PEC Zwolle dio el salto de calidad en 1955. La transición profesional estuvo marcada por la letalidad de su histórico delantero Leo Koopman y por la mudanza y consolidación definitiva en su emblemático estadio, el Oosterenkstadion.
La década de los 80 trajo consigo momentos de gran vistosidad en el juego ofensivo del equipo, cimentando su reputación de fútbol alegre. El punto cumbre de esta era se registró durante la temporada de Eredivisie 1981-1982, cuando el equipo le propinó un histórico e inolvidable 8-0 al Vitesse, estableciendo la mayor goleada a favor en la historia de la institución.
La temporada 2013-2014 consagró el capítulo más brillante en la historia deportiva del club. Comandados por Ron Jans, el plantel alcanzó la final de la Copa de los Países Bajos (KNVB Beker). En el partido definitorio disputado en Róterdam, el PEC Zwolle ofreció una exhibición magistral al aplastar sorpresivamente al todopoderoso Ajax por 5-1, agenciándose su primer título mayor.
La inercia ganadora de la Copa Nacional le permitió al club disputar la Supercopa Johan Cruyff ese mismo año, derrotando nuevamente al Ajax (1-0). Este doblete histórico no solo llenó sus vitrinas por primera vez, sino que le otorgó el pasaporte directo para debutar en las competiciones continentales de la UEFA Europa League, escribiendo su nombre en el plano internacional.