Fruto de una audaz fusión en la región de Limburgo. Fue el primer club neerlandés en alcanzar los cuartos de final de una competición europea, mucho antes que los grandes.
El 1 de julio de 1968, se oficializó la fundación del Fortuna Sittard Combinatie, fruto de una fusión estratégica entre dos entidades de la región de Limburgo: el Fortuna '54 (radicado en Geleen) y el Sittardia (de Sittard). La unión fue impulsada por la necesidad de crear un único club competitivo a nivel nacional que pudiera sostenerse financieramente frente a la crisis de la industria minera local. El Fortuna '54 aportó el linaje de haber sido el primer club profesional de los Países Bajos y la gloria de dos Copas KNVB (1957 y 1964). Por su parte, el Sittardia contribuyó con su fuerte arraigo popular en la ciudad. El equipo unificado se instaló en el estadio De Baandert, adoptando progresivamente el amarillo y el verde como colores distintivos y consolidando la identidad del fútbol limburgués.
En la temporada 1983-84, el club protagonizó su primera gran gesta doméstica desde la fusión, alcanzando la final de la Copa de los Países Bajos (KNVB Beker). Aunque cayeron derrotados 1-0 frente al poderoso PSV Eindhoven, su condición de subcampeones les otorgó la clasificación directa a la Recopa de Europa de la UEFA para la campaña 1984-85. En dicho torneo continental, el equipo limburgués asombró eliminando primero al KB Copenhague danés y posteriormente al Wisla Cracovia polaco. Su histórica marcha europea se detuvo en la instancia de cuartos de final, donde fueron superados por el Everton inglés, que a la postre se consagraría campeón del certamen. Esta participación consolidó al Fortuna como una institución respetada más allá de las fronteras neerlandesas.
Bajo la magistral dirección técnica de Bert van Marwijk, el Fortuna Sittard estructuró una de las plantillas más talentosas y recordadas de su historia, liderada en el mediocampo por un joven Mark van Bommel y apuntalada en defensa por Fernando Ricksen. En la temporada 1998-99, el equipo no solo desplegó un fútbol sumamente atractivo en la Eredivisie, sino que logró avanzar hasta la gran final de la Copa KNVB. En el partido decisivo disputado en el estadio De Kuip de Róterdam, el conjunto de Limburgo se enfrentó al Ajax de Ámsterdam. A pesar de una actuación valerosa, cayeron por 2-0 con un doblete del danés Jesper Grønkjær. Este subcampeonato les permitió retornar brevemente a las competiciones europeas y cerrar la década en el punto más alto de su rendimiento.
Tras la inauguración de su nuevo y moderno estadio en 1999, el club comenzó a sufrir severos problemas financieros que repercutieron fatalmente en el ámbito deportivo. En la temporada 2001-02, el equipo finalizó en la última posición de la Eredivisie y consumó su descenso a la Eerste Divisie (segunda categoría), iniciando la etapa más oscura de su historia. Durante los siguientes 16 años, el club deambuló por las posiciones bajas del ascenso, rozando la bancarrota absoluta y la desaparición institucional en múltiples ocasiones (particularmente en 2009). La supervivencia fue posible únicamente gracias a masivas campañas de recaudación impulsadas por los aficionados y reestructuraciones corporativas de emergencia, que evitaron la liquidación total de la entidad representativa de Sittard.
Después de 16 años de frustraciones y crisis terminales en la segunda división, la temporada 2017-18 marcó la resurrección definitiva del Fortuna Sittard. Conducidos en el tramo final por el entrenador Claudio Braga y con el exjugador Kevin Hofland como figura clave en el cuerpo técnico, el equipo logró asegurar el subcampeonato de la Eerste Divisie. En un dramático partido final ante el filial del PSV Eindhoven, una victoria por 1-0 desató la euforia masiva en el Fortuna Sittard Stadion y garantizó el ascenso directo a la máxima categoría del fútbol neerlandés tras beneficiarse de la reglamentación que impedía ascender al filial del Ajax, que había sido el campeón. Este hito devolvió a Limburgo su plaza en la élite y sanó las heridas de más de una década.