El 28 de mayo de 2013, ante la inminente orfandad deportiva de la ciudad tras la mudanza de la franquicia original del San Luis FC, el empresario Jacobo Payán Espinosa fundó el Club Atlético de San Luis. Naciendo en la Liga de Ascenso, el objetivo primario fue preservar el fútbol profesional en el emblemático Estadio Alfonso Lastras. Manteniendo el tradicional azul y oro de la huasteca potosina, la nueva institución comenzó un proceso de consolidación arduo, luchando por mantener viva la pasión futbolística de una de las plazas más fieles y castigadas de la república mexicana.
El evento que transformó radicalmente el destino y el peso corporativo de la institución ocurrió en 2017. La directiva potosina firmó una alianza estratégica sin precedentes con el gigante europeo Atlético de Madrid, quien adquirió el 51% de las acciones del equipo. Esta inversión monumental trajo consigo la adopción de los colores rojiblancos madrileños y una reestructuración absoluta bajo metodologías europeas, dotando al club de un músculo financiero y táctico inédito en la categoría de plata del fútbol nacional.
La sinergia hispano-mexicana no tardó en rendir dividendos asombrosos en el terreno de juego. Bajo la impecable dirección técnica del estratega Alfonso Sosa, el Atlético de San Luis dominó abrumadoramente la división de plata. El equipo potosino se coronó de manera consecutiva en el torneo Apertura 2018 y el Clausura 2019, venciendo en ambas finales a los Dorados de Sinaloa, entonces dirigidos por Diego Armando Maradona. Este histórico bicampeonato les otorgó la gloria absoluta.
Con el boleto directo en mano tras dominar el Ascenso MX, el club firmó su retorno oficial a la Liga MX para el torneo Apertura 2019. El regreso significó no solo la recuperación de una plaza histórica para el máximo circuito, sino la validación del ambicioso proyecto del Atlético de Madrid en suelo americano. La ciudad volvió a vibrar con el fútbol de élite, desatando una euforia colectiva y posicionando al Estadio Alfonso Lastras nuevamente en el radar estelar.
Tras varios torneos de turbulencia en su adaptación a la Primera División, el proyecto encontró estabilidad táctica bajo la dirección del técnico brasileño André Jardine. Durante el Clausura 2022, el equipo mostró un fútbol dinámico, alegre y sumamente competitivo, clasificando a la liguilla tras eliminar de manera sorpresiva al Monterrey. Esta campaña marcó la consolidación definitiva del Atlético de San Luis como un equipo que dejó de luchar por la permanencia para convertirse en un animador recurrente y respetado de la Liga MX.