El 8 de julio de 1950, un grupo de empresarios queretanos encabezados por el presidente de la Asociación Queretana de Fútbol, Alfonso 'Chato' Niembro, materializó el sueño de inscribir a la ciudad en la recién creada Segunda División profesional, fundando oficialmente el Querétaro Fútbol Club. Apoyados económicamente por la sociedad civil local y la prensa deportiva de la época, el equipo fue bautizado rápidamente como los 'Gallos Blancos' debido a la indumentaria inmaculada que utilizaron en sus primeros duelos. Así nació una institución que, pese a enfrentar a lo largo de décadas incontables vicisitudes económicas y reestructuraciones corporativas, forjó una de las aficiones más estoicas, pasionales y leales de toda la república mexicana.
Tras cuatro décadas de navegar en el circuito de plata enfrentando crisis financieras y reestructuraciones constantes, los Gallos Blancos lograron su primer gran milagro deportivo en 1990. Al mando del técnico Ricardo de la Peña, el Querétaro se coronó campeón de la Segunda División en la temporada 1989-90 tras vencer a los Correcaminos de la UAT en un dramático tercer partido de desempate en la cancha del Estadio Azteca. Este ascenso histórico desató la locura en la ciudad y coronó el esfuerzo de generaciones que soñaban con ver a su equipo competir en la élite.
El hito mediático más espectacular y sorprendente en la historia del club, y quizás de la liga mexicana moderna, ocurrió en septiembre de 2014 cuando la directiva anunció el fichaje del astro brasileño Ronaldo de Assis Moreira, 'Ronaldinho'. La llegada del campeón del mundo revolucionó la ciudad de Querétaro, llenando los estadios de todo México y colocando al club en las portadas de la prensa deportiva global. El clímax de esta etapa mediática se vivió cuando el ídolo brasileño fue ovacionado de pie por la afición del Estadio Azteca tras marcarle un doblete al América.
El impacto mediático de Ronaldinho se tradujo en un histórico éxito deportivo en el torneo Clausura 2015. Bajo la dirección técnica de Víctor Manuel Vucetich, los Gallos Blancos firmaron una liguilla heroica, eliminando rivales de alta jerarquía para alcanzar la primera final de Liga MX en la historia de la franquicia frente a Santos Laguna. Aunque perdieron en el marcador global tras un desastroso partido de ida, la épica remontada que estuvieron a punto de consumar en el partido de vuelta (ganando 3-0 en el Estadio Corregidora) quedó inmortalizada como la página más gloriosa del club en el campeonato doméstico.
El trabajo táctico de Víctor Manuel Vucetich finalmente trajo un campeonato a las sedientas vitrinas del club en el torneo Apertura 2016 de la Copa MX. Tras un torneo consistente, el Querétaro enfrentó a las Chivas del Guadalajara en una final de alarido disputada en el Estadio Corregidora. Con una actuación memorable del portero brasileño Tiago Volpi, quien atajó penales y cobró su tiro con maestría, los Gallos Blancos se impusieron en la tanda definitoria para levantar su primer gran título oficial en el máximo circuito, un premio merecido a la resiliencia de su incansable afición.