El 2 de junio de 2020, en medio de una reestructuración corporativa sin precedentes en el fútbol mexicano, el balompié profesional arribó por primera vez al estado de Sinaloa con el nacimiento del Mazatlán Fútbol Club. Impulsado por el Grupo Salinas y el gobierno estatal tras adquirir y mudar la histórica franquicia de Monarcas Morelia, el club se fundó con el objetivo de dotar a una de las perlas turísticas del Pacífico de un espectáculo de primera categoría. Adoptando el color morado inspirándose en los espectaculares atardeceres de su costa, el equipo se autodenominó 'Los Cañoneros', en honor a la resiliencia militar histórica del puerto, inaugurando de inmediato el vanguardista Estadio El Encanto ('El Kraken').
A pesar de nacer en medio de las restricciones globales por la pandemia, la institución marcó su primer gran paso simbólico el 27 de julio de 2020 al disputar su primer partido oficial en la Liga MX. Jugando en el espectacular Estadio El Encanto, conocido popularmente como 'El Kraken', el equipo debutó enfrentando al Club Puebla. Aunque el resultado fue adverso, este encuentro certificó el inicio de una nueva plaza futbolística en el país, demostrando el músculo financiero y la infraestructura de primer nivel que respaldaba el ambicioso proyecto.
El primer triunfo oficial de la franquicia no se hizo esperar demasiado y llegó en la Jornada 3 del torneo Apertura 2020. Bajo el mando del técnico Juan Francisco Palencia, los Cañoneros derrotaron por 2-1 a los Diablos Rojos del Toluca en la cancha de El Kraken. Este resultado no solo otorgó los primeros tres puntos en la historia del club, sino que sirvió como un alivio deportivo y mediático para justificar la inmensa inversión realizada, marcando el inicio formal de su competitividad en el máximo circuito.
Después de varios torneos lidiando con la adaptación, los ajustes de plantel y el rigor del cociente porcentual, el Mazatlán FC firmó su primer gran logro deportivo en el torneo Clausura 2022. Bajo la dirección técnica del experimentado Gabriel Caballero, el equipo hilvanó una impresionante racha de victorias en la recta final de la fase regular que les permitió clasificar por primera vez en su historia a la ronda de reclasificación (repechaje). Aunque no avanzaron a la liguilla definitiva, esta campaña comprobó el crecimiento paulatino del proyecto sinaloense.
El Mazatlán experimentó su primer roce competitivo fuera de las fronteras nacionales durante la Leagues Cup 2023, el primer torneo oficial que enfrentó a todos los clubes de la Liga MX contra los de la MLS en territorio estadounidense. Los Cañoneros sorprendieron a la crítica internacional al avanzar de la fase de grupos con autoridad, derrotando a equipos consolidados como el Austin FC. Esta inédita campaña internacional otorgó prestigio a la joven institución, demostrando que estaban listos para escribir una historia competitiva global.