El 5 de marzo de 1928, en la histórica ciudad de Frosinone, se fundó formalmente la Unione Sportiva Frusinate. Esta iniciativa, encabezada por el dinámico promotor deportivo Memmo Gerli y respaldada por las autoridades locales, buscaba unificar el fútbol amateur de la región del Lacio bajo una sola institución profesional representativa. El club adoptó originalmente los colores amarillo y azul (gialloazzurro) de la bandera de la ciudad. Tras varias interrupciones debidas a la Segunda Guerra Mundial y sucesivas reorganizaciones financieras, la sociedad se refundó en 1963 como Associazione Sportiva Frosinone y finalmente en 1990 como Frosinone Calcio, consolidándose como el principal bastión futbolístico de la provincia.
En la temporada 1965-1966, el Frosinone experimentó su primer gran salto cualitativo a nivel nacional al proclamarse campeón de la Serie D. Bajo la conducción técnica de Umberto De Angelis y con un plantel compuesto mayoritariamente por futbolistas de la región, el equipo desplegó una solidez defensiva que se convirtió en marca registrada, consiguiendo el ascenso a la Serie C y despertando una enorme pasión colectiva en la provincia de Frosinone, que hasta entonces no había tenido fútbol profesional de tercer nivel.
El 11 de junio de 2006 es una fecha imborrable para la hinchada del Frosinone Calcio. Bajo la dirección de Ivo Iaconi, el equipo logró ascender por primera vez en su historia a la Serie B tras disputar una final de play-offs sumamente reñida de la Serie C1. Tras empatar en la ida contra el Sansovino, el partido de vuelta en el antiguo Estadio Matusa finalizó con una victoria de los locales que selló la promoción, permitiendo al club debutar en el fútbol de plata italiano.
El 16 de mayo de 2015, el Frosinone logró un hito impensado para la pequeña ciudad del Lacio al ascender de forma directa a la Serie A. Liderados técnicamente por Roberto Stellone —quien había logrado ascender al equipo desde la Serie C en años anteriores—, el conjunto amarillo y azul derrotó 3-1 al Crotone en el Estadio Matusa en la penúltima jornada de la Serie B, finalizando como subcampeón de la división y garantizando su primera presencia en la élite del fútbol italiano.
Bajo la dirección técnica del recordado lateral campeón del mundo Fabio Grosso, el Frosinone firmó una temporada memorable en la Serie B 2022-2023. Desplegando un fútbol moderno, vertical y ofensivo, el equipo dominó el torneo de punta a punta, asegurando su tercer ascenso a la Serie A a falta de tres fechas al vencer al Reggina por 3-1, y consagrándose campeón de la división para revalidar su jerarquía institucional.