Club histórico participante de la liga francesa.
El club se constituyó de manera oficial en la ciudad alpina de Annecy (Alta Saboya) mediante una reunión de entusiastas deportivos en el histórico Café l'Union. La sesión fue liderada por el promotor deportivo local Louis Frerejacque, quien fue electo como primer presidente de la institución, junto a su colaborador directo Jean L'Hoste. El motivo fundamental del nacimiento del club fue canalizar los esfuerzos del fútbol amateur de la metrópoli, el cual se encontraba disperso en iniciativas escolares, dotando a la comunidad de un club civil unificado y con personería jurídica para competir de forma regular en los campeonatos del sudeste de Francia. Para la vestimenta, adoptaron el color rojo brillante y el blanco. Esta elección cromática rinde un tributo directo a los colores heráldicos históricos del escudo de armas de la ciudad de Annecy y de la antigua provincia de Saboya, que lucen una cruz de plata sobre un campo de gules.
Bajo las difíciles condiciones impuestas por la ocupación alemana durante la Segunda Guerra Mundial, el FC Annecy logró sostener sus actividades deportivas. En la temporada 1941-42, el plantel disputó y conquistó el campeonato de fútbol amateur correspondiente a la zona libre de Francia, un logro competitivo de enorme trascendencia moral y social que consagró la regularidad del plantel en competencias de nivel nacional.
Bajo la dirección técnica y la preparación física sistemática impuesta por sus entrenadores, el FC Annecy alcanzó la cúspide de su era amateur al coronarse campeón nacional de la máxima categoría amateur francesa (CFA) en 1948. El partido definitorio se disputó en terreno neutral y finalizó con una victoria decisiva sobre la escuadra del Nancy, consolidando una base de jugadores locales formados en las canteras del departamento.
En la temporada 1989-90, el director técnico Guy Chiarelli estructuró un plantel de alto rigor defensivo que aseguró el ascenso a la División 2 profesional. Con este ascenso, la institución no solo alcanzó la segunda categoría del fútbol francés, sino que obtuvo formalmente el estatus profesional, sosteniéndose en la categoría de plata durante tres temporadas consecutivas frente a rivales de jerarquía.
Tras décadas de reestructuraciones y el paso obligatorio por divisiones regionales no profesionales, el club completó su retorno al profesionalismo en la temporada 2021-22. Aseguró la promoción directa a la Ligue 2 al culminar en la segunda posición del Championnat National, respaldado por un proyecto administrativo serio y la renovación del estadio de la ciudad.