El 25 de mayo de 1948, en las oficinas de La Rosaleda, se fundó el Club Atlético Malagueño como equipo filial del CD Málaga (creado en 1904). El presidente original del filial en 1948 fue José Soriano. Tras la disolución del club matriz en 1992 por deudas concursales asfixiantes, el filial asumió la herencia deportiva de la entidad, adoptando en 1994 la denominación oficial de Málaga Club de Fútbol S.A.D. bajo la presidencia del empresario Federico Beltrán y los directivos Antonio Domínguez y Fernando Serrano.
El 27 de agosto de 2002, el Málaga CF conquistó el único trofeo internacional oficial de su palmarés al consagrarse campeón de la Copa Intertoto de la UEFA. El conjunto dirigido por Joaquín Peiró superó al Villarreal CF en la final a doble partido por un marcador global de 2-1 (0-1 de visitante en El Madrigal y 1-1 en La Rosaleda con gol del defensor Gerardo García).
En la temporada 2002-03, en su debut absoluto en competiciones europeas, el Málaga CF alcanzó los cuartos de final de la Copa de la UEFA. El plantel boquerón eliminó a rivales de la talla del Leeds United de Inglaterra y el AEK Atenas de Grecia, cayendo eliminado dramáticamente en la tanda de penales (4-1) ante el Boavista FC de Portugal.
Durante la temporada 2012-13, conducido tácticamente por el chileno Manuel Pellegrini, el Málaga CF alcanzó los cuartos de final de la UEFA Champions League en su primera participación. Tras apear al FC Porto en octavos, la escuadra andaluza quedó eliminada ante el Borussia Dortmund en el Signal Iduna Park en el tiempo de descuento (3-2) con jugadas polémicas.
El 22 de junio de 2024, el Málaga CF regresó a la Segunda División al empatar 2-2 frente al Gimnàstic de Tarragona en el Nou Estadi Costa Daurada en la vuelta del play-off (global 4-3). Una anotación de volea del juvenil de 17 años Antoñito Cordero en el minuto 122 del tiempo extra sentenció la promoción del equipo de Sergio Pellicer.