Entidad profesional decana en actividad de la máxima categoría de Escocia. Registra un título de liga histórico en 1965 sustentado a través del diferencial de promedios en el último encuentro.
Fundado el 5 de enero de 1869 en una reunión llevada a cabo en Robertson's Temperance Hotel. Inicialmente, un grupo de deportistas locales buscaba mantener la actividad física practicando un estilo de fútbol similar al rugby, hasta estandarizar las reglas de la Asociación en 1873. Es oficialmente el club profesional de fútbol más antiguo de Escocia aún en existencia.
Kilmarnock levantó su primer trofeo mayor en 1920 al vencer al Albion Rovers por 3-2 frente a 95.000 espectadores en Hampden Park. Esta victoria consolidó al equipo de Ayrshire como una plaza competitiva fundamental fuera del eje Glasgow-Edimburgo.
El 24 de abril de 1965 representa el pináculo histórico del club. En la última jornada de liga, Kilmarnock visitó Tynecastle necesitando vencer a Hearts por diferencia de dos goles para superarlos por promedio de gol. Con un triunfo épico de 2-0, se consagraron campeones de liga por única vez bajo las órdenes del legendario Willie Waddell.
El equipo se adjudicó la Copa de Escocia de 1997 al vencer por la mínima diferencia al Falkirk con gol de Paul Wright. Este logro representó su tercer trofeo copero, poniendo fin a una extensa sequía y garantizando su participación en el retorno a la escena continental en la Recopa de Europa.
En marzo de 2012, Kilmarnock logró ganar el único torneo nacional que le faltaba en sus vitrinas al sorprender al Celtic en la final de la Copa de la Liga Escocesa con una victoria por 1-0 gracias al gol decisivo de Dieter van Tornhout.