El club fue fundado oficialmente el 19 de junio de 1904 tras una reunión de directores y empresarios deportivos en la ciudad de Kingston upon Hull (conocida comúnmente como Hull), situada en el condado de East Riding de Yorkshire (Norte de Inglaterra, en la desembocadura y estuario del río Humber, rodeada por los campos y acantilados del mar del Norte). Nació con el firme propósito de establecer un club de fútbol de asociación profesional en un distrito tradicionalmente dominado por el rugby league. Bajo la conducción del mánager James Ramster y los directivos John F. Cooper y William Jackson, el equipo adoptó colores negro y ámbar, y disputó sus primeros partidos amistosos en The Boulevard ante gran expectativa cívica.
Tras ser admitido con éxito en la Second Division de la Football League en 1905, el club comenzó a disputar sus partidos de local en el estadio de Anlaby Road. Tras sortear los problemas de las guerras mundiales, en 1946 la junta directiva tomó la trascendental decisión de inaugurar el estadio de Boothferry Park, ubicado en una zona céntrica. Boothferry Park se convirtió rápidamente en un bastión inconfundible y en un escenario de enorme arraigo comunitario, registrando un récord histórico de asistencia de 55.019 espectadores en un duelo de la FA Cup de 1949 ante el destacado Manchester United.
El 24 de mayo de 2008, Hull City escribió su página deportiva más exitosa del siglo XXI. Dirigidos por el estratega Phil Brown, los 'Tigers' llegaron a la final del playoff de ascenso en Wembley, midiéndose ante el Bristol City. En un partido sumamente disputado, Hull se impuso por 1-0 gracias a un soberbio gol de volea del delantero y emblema del club, Dean Windass, sellando el primer ascenso a la máxima categoría del fútbol inglés en los 104 años de historia de la institución y desatando un festejo multitudinario en todo el Humber.
Bajo la experimentada conducción táctica de Steve Bruce, Hull City firmó una de las temporadas más exitosas de su era moderna en la campaña 2013-14. El equipo completó un camino de copa brillante que lo llevó a disputar la final de la FA Cup por primera vez en su historia, cayendo con dignidad por 3-2 en la prórroga ante el Arsenal tras haber estado en ventaja por 2-0. Esta gesta copera les permitió clasificar por primera vez a competencias europeas oficiales disputando la UEFA Europa League de la temporada siguiente.