El club fue fundado oficialmente en 1894 bajo la denominación de Bristol South End por un grupo de comerciantes y entusiastas deportivos locales en la ciudad de Bristol, situada en la región del Suroeste de Inglaterra (a orillas del río Avon y rodeada de los pintorescos paisajes del desfiladero de Avon Gorge). Nació con el firme propósito de forjar un club de fútbol de asociación profesional que pudiese competir deportivamente con el arraigado predominio del rugby en la zona. Liderados por Sam Dobbs, los fundadores estructuraron el club sobre bases comerciales sólidas, disputando sus primeros partidos de local en el terreno de St John's Lane y logrando una rápida aceptación en la comunidad local.
En 1897, el club se reorganizó formalmente bajo el nombre de Bristol City Football Club al adquirir su carácter profesional e ingresar en la Southern League. Tras fusionarse en 1900 con sus vecinos y clásicos rivales del Bedminster Football Club, la junta directiva tomó la trascendental decisión en 1904 de mudarse a Ashton Gate, el antiguo hogar de Bedminster. Este histórico traslado proporcionó al club unas instalaciones de primer nivel que le permitieron ingresar a la Football League y edificar un arraigo de gran alcance social e institucional en toda la región suroccidental.
La temporada 1906-07 se inscribe como uno de los capítulos más brillantes de la historia del club. Tras lograr el ascenso bajo la conducción táctica de Harry Thickitt, Bristol City irrumpió con fuerza en la Primera División de la Football League, completando una campaña formidable que los llevó a coronarse subcampeones de liga por detrás del campeón Newcastle United. Este hito se mantiene hasta hoy como el mejor registro liguero absoluto en la historia de la institución, ganando una enorme reputación en todo el Reino Unido por su juego dinámico y organizado.
El 24 de abril de 1909, Bristol City disputó la final de la FA Cup por primera y única vez en su historia. Tras completar una campaña de copa brillante eliminando a los clubes más fuertes de la época, el equipo de Thickitt se midió ante el Manchester United en la final celebrada en el estadio de Crystal Palace ante más de 71.000 espectadores. A pesar de caer dignamente por 1-0 debido a un gol de Sandy Turnbull, la gesta consolidó de forma definitiva al club en la élite del fútbol inglés y consagró a su generación de futbolistas pioneros.
Bajo la enérgica dirección técnica de Steve Cotterill, Bristol City firmó una de las temporadas más exitosas de su era moderna en la campaña 2014-15. El equipo completó un doblete histórico al consagrarse campeones indiscutidos de la EFL League One sumando un notable registro de 99 puntos, y adjudicándose el Johnstone's Paint Trophy en Wembley tras vencer al Walsall por 2-0. Este hito coronó una etapa de gran fútbol ofensivo y sentó las bases para el relanzamiento del club en la Football League en su modernizado estadio de Ashton Gate.