Manta Fútbol Club es uno de los clubes participantes de la Serie A de Ecuador.
El 27 de julio de 1998, en la ciudad de Manta, provincia de Manabí, se fundó de manera oficial el Manta Fútbol Club. La entidad fue creada por un grupo de empresarios locales y exdirigentes del desaparecido Manta Sport Club, encabezados por Jaime Estrada Bonilla, con el firme propósito de devolver el fútbol profesional de élite a la ciudad portuaria tras la quiebra institucional del histórico Manta Sport. La flamante dirigencia adquirió los derechos deportivos y la franquicia de competencia del Club Deportivo Green Cross que militaba en la Serie B, adoptando los colores celeste celeste y blanco tradicionales de las banderas locales de Manta y Manabí. Jaime Estrada Bonilla asumió la primera presidencia de la naciente institución.
En la temporada de la Serie B de 2002, a tan solo cuatro años de su fundación oficial, el Manta Fútbol Club protagonizó una extraordinaria campaña deportiva. Bajo la dirección técnica del entrenador nacional Carlos Calderón y apuntalado por una delantera sumamente eficaz, el cuadro manabita se consagró campeón absoluto del certamen tras acumular 66 puntos. Este título le otorgó de manera directa el primer e histórico ascenso a la Serie A del fútbol profesional ecuatoriano para disputar el Campeonato Nacional de 2003, provocando celebraciones en los sectores pesqueros y portuarios de la ciudad.
Tras descender a la Serie B y experimentar procesos de reorganización administrativa, el club estructuró un proyecto deportivo robusto para el torneo 2008. Bajo la dirección técnica del estratega argentino Gabriel Perrone, el Manta FC impuso condiciones en la categoría de plata y se consagró campeón de la Serie B. Este nuevo campeonato le permitió retornar a la Serie A, dando inicio a una destacada etapa de estabilidad de seis años seguidos en la división de privilegio (2009-2014), en la cual se consolidó como un plantel altamente competitivo en su localía del Estadio Jocay.
Tras militar seis temporadas consecutivas en la Serie B, Manta FC concretó su anhelado retorno a la élite del fútbol nacional durante la atípica temporada 2020, disputada bajo estrictas restricciones de la pandemia. Conducidos técnicamente por el entrenador argentino Pablo Trobbiani, la escuadra atunera completó un sólido tramo final de campeonato para adjudicarse el subcampeonato de la categoría de plata, asegurando de forma dramática en la última jornada el segundo boleto de promoción directa para disputar la LigaPro Serie A en el año 2021.
En la temporada 2021, a pesar de las severas complejidades económicas impuestas por el contexto global, el Manta Fútbol Club se distinguió por estructurar un plantel sumamente competitivo en la LigaPro. El equipo se convirtió en un gran formador de talentos jóvenes de exportación nacional, destacando la explosión goleadora del delantero José 'Tin' Angulo. Asimismo, el club impulsó decididas reformas de infraestructura y modernización de las luminarias del Estadio Jocay, consolidándose como un ejemplo de gestión deportiva sostenible en la costa del pacífico de Ecuador.