Libertad Fútbol Club es uno de los clubes participantes de la Serie A de Ecuador.
El 17 de mayo de 2017, en la ciudad de Loja, se fundó de manera oficial el Libertad Fútbol Club. La creación de la entidad fue una iniciativa liderada por el empresario local Marlon Granda, propietario del conglomerado empresarial y de transporte Libertad, con el objetivo explícito de estructurar una institución deportiva sólida y profesional que cubriera el vacío futbolístico en la provincia austral tras la inminente crisis y desaparición de la histórica Liga Deportiva Universitaria de Loja. Se adoptaron el naranja y el negro para el uniforme titular del equipo, proyectando un modelo de negocio deportivo moderno fundamentado en el desarrollo de la cantera regional y la sostenibilidad financiera.
En la temporada 2021, Libertad Fútbol Club concretó su primera gran conquista deportiva al consagrarse campeón absoluto de la Segunda Categoría a nivel nacional. Dirigidos técnicamente por el entrenador chileno Nelson Bustamante, el cuadro lojano completó una impecable campaña eliminatoria que culminó con el triunfo en la gran final frente al Imbabura Sporting Club. Esta victoria le otorgó su primer título oficial en la categoría y selló su ascenso a la Serie B del fútbol profesional ecuatoriano.
En la temporada 2022 de la Serie B, Libertad FC protagonizó un ascenso sumamente veloz en la estructura nacional. Bajo la dirección técnica del experimentado estratega nacional Paúl Vélez, el cuadro naranja completó el certamen liguero en la tercera posición general con 56 puntos. Debido a que el subcampeón del torneo fue Independiente Juniors (equipo filial no elegible para ascender), Libertad se adjudicó la plaza de promoción correspondiente, certificando su ascenso histórico a la Serie A para disputar el torneo de 2023 en apenas cinco años de vida institucional.
Durante la temporada 2023, Libertad FC disputó la primera campaña de su historia en la máxima categoría del fútbol ecuatoriano, teniendo como fortín el Estadio Reina del Cisne. Tras una primera etapa sumamente compleja que forzó cambios en el timonel, la dirigencia confió la conducción técnica al estratega Geovanny Cumbicus. En un vibrante tramo final de torneo, el equipo lojano sumó triunfos determinantes ante sus rivales directos de la permanencia, sellando en la última fecha la salvación matemática de la categoría para continuar en la élite en 2024.
La campaña de Libertad FC en la LigaPro 2024 estuvo signada por la adversidad extrema, debiendo iniciar el torneo con una penalización de menos cuatro puntos (-4) decretada por la LigaPro debido a asuntos administrativos. A pesar de comenzar en el fondo de la tabla de posiciones, el equipo, conducido por el técnico ecuatoriano Juan Carlos León, protagonizó una heroica reacción deportiva en la segunda etapa. Cosechando triunfos clave en la localía de Loja y sumando puntos determinantes de visitante, el cuadro lojano eludió el descenso en la última jornada, consolidando su lugar en la Serie A del fútbol ecuatoriano.