Club Deportivo Cuenca es uno de los clubes participantes de la Serie A de Ecuador.
El 4 de marzo de 1971, en la ciudad de Cuenca (provincia del Azuay), se constituyó oficialmente el Club Deportivo Cuenca. La iniciativa fue impulsada por un grupo de ciudadanos ilustres de la urbe liderados por el alcalde Alejandro Serrano Aguilar, Polibio Vázquez y Alfredo Peña Calderón, con el anhelo de dotar a la capital azuaya y a la región austral de una representación sólida en el fútbol profesional del país. Serrano Aguilar asumió la primera presidencia institucional y se adoptaron el rojo y el amarillo —los colores oficiales de la bandera de la ciudad de Cuenca— para el uniforme titular del equipo, naciendo las célebres 'Camisetas Coloradas' y estableciendo la localía en el Estadio Municipal.
Durante las temporadas de 1975 y 1976, Deportivo Cuenca protagonizó un espectacular auge deportivo al consagrarse subcampeón nacional de la Serie A en años consecutivos. El equipo estuvo liderado por el legendario delantero argentino Ángel Liciardi, quien se erigió en el máximo goleador del campeonato nacional con 36 anotaciones en 1976 (récord histórico de goles en una sola temporada en el fútbol ecuatoriano). Estas brillantes campañas significaron el debut internacional absoluto de la institución en la Copa Libertadores de 1976, midiendo fuerzas de igual a igual frente a rivales de la jerarquía de Cruzeiro de Brasil y Liga de Quito.
El 8 de diciembre de 2004 se inscribió como el día de mayor gloria en la historia del club al consagrarse Campeón Nacional de la Serie A de Ecuador por primera vez. Bajo la meticulosa conducción táctica del argentino Julio 'Turco' Asad, el Expreso Austral rompió la hegemonía histórica de los clubes de Quito y Guayaquil al adjudicarse de forma brillante la liguilla final del certamen. Figuras superlativas de la talla del guardameta Javier Klimowicz, el zaguero Giancarlo Ramos, Walter 'Mamita' Calderón y el ariete argentino Preciado lideraron un plantel que desató festejos populares sin parangón en toda la provincia del Azuay.
Bajo el mando del entrenador argentino Gabriel Perrone, Deportivo Cuenca volvió a situarse en la vanguardia del fútbol nacional en 2007 al obtener el subcampeonato de la Serie A. Con un juego ordenado y de alta disciplina defensiva, el cuadro colorado disputó palmo a palmo el cuadrangular final frente a Liga de Quito. Este subcampeonato aseguró la clasificación directa de la institución a la Copa Libertadores de América de 2008, reinsertando al Expreso Austral en las citas de prestigio del continente sudamericano.
En la temporada 2009, el club sumó otra gesta internacional formidable bajo la dirección interina del estratega Paúl Vélez. Deportivo Cuenca realizó una descollante fase de grupos en la Copa Libertadores, derrotando a colosos como Boca Juniors de Argentina (1-0 en Cuenca) y clasificando por primera vez a los octavos de final del máximo certamen continental. Paralelamente en el campeonato nacional, el equipo colorado ratificó su jerarquía al consagrarse subcampeón de la Serie A tras disputar una reñida final ante el Deportivo Quito.