La fuerza felina representativa del departamento de Córdoba y la sabana caribeña. Ha logrado estabilizar un proyecto competitivo en la máxima categoría colombiana.
El 5 de diciembre de 2012 se oficializó la constitución del Jaguares Fútbol Club S.A. La creación de la entidad deportiva se estructuró a partir del traslado de la ficha administrativa del club Sucre F.C. El proceso fue gestionado por Nelson Soto Duque, directivo y fundador de la franquicia, en conjunto con representantes políticos como el alcalde de Montería, Carlos Eduardo Correa, y el gobernador de Córdoba, Alejandro Lyons. El acuerdo definió la adopción del color celeste para la indumentaria principal, en representación institucional del departamento, y la utilización del recién inaugurado Estadio Jaraguay como escenario exclusivo para disputar los encuentros del torneo de la Primera B.
El 3 de febrero de 2013, Jaguares de Córdoba disputó su primer partido oficial en el marco del Torneo de la Categoría Primera B. El encuentro inaugural se llevó a cabo en las instalaciones del Estadio Jaraguay de Montería frente al Real Cartagena. El resultado final fue una victoria 2-1 a favor del conjunto local, registrando al jugador Francisco Alvear como el autor del primer gol en la historia de la institución. Esta primera temporada sentó las bases operativas y deportivas del equipo en el entorno competitivo nacional, finalizando la fase regular con una destacada participación en su año debut.
En la temporada de 2014, Jaguares de Córdoba obtuvo el campeonato absoluto del torneo de la Primera B, logrando el ascenso directo a la máxima división. El equipo, dirigido inicialmente por Alberto Suárez y posteriormente por Héctor Estrada, conquistó el Torneo Apertura del año tras vencer al América de Cali en la final semestral. En el mes de diciembre, la institución disputó la Gran Final Anual del campeonato de ascenso frente al Deportes Quindío. Tras perder 2-0 el partido de ida en Armenia, Jaguares triunfó 3-0 en el partido de vuelta en Montería, asegurando su cupo en la Categoría Primera A a partir del año 2015.
Durante la temporada 2017 de la Categoría Primera A, Jaguares de Córdoba registró su clasificación histórica a las fases semifinales del campeonato de primera división. Bajo la conducción técnica del entrenador Hubert Bodhert, el equipo finalizó la fase regular del Torneo Apertura y del Torneo Finalización dentro del grupo de los ocho clasificados, compitiendo en ambas instancias en los cuartos de final del torneo. Además de asegurar su permanencia administrativa en la categoría, los resultados acumulados a lo largo del año calendario le permitieron posicionarse favorablemente en la tabla de reclasificación.
La posición obtenida en la tabla de reclasificación del año 2017 le otorgó a Jaguares de Córdoba la clasificación directa a la Copa Sudamericana 2018. Esta competición representó el primer torneo internacional de carácter oficial disputado por la institución. El club integró una serie eliminatoria frente a Boston River de Uruguay. El partido de ida disputado en el estadio Jaraguay de Montería finalizó con una victoria 2-1 para el equipo colombiano, mientras que en el partido de vuelta jugado en Montevideo, Jaguares fue derrotado por 3-0. El marcador global determinó la finalización de su histórica participación debut a nivel continental.