Una institución moderna e innovadora con sede en Bogotá. Su modelo se centra en la alta formación juvenil apoyada en una comunicación digital absolutamente disruptiva.
El 15 de noviembre de 2010 se formalizó la fundación institucional del Fortaleza Fútbol Club. La creación de la entidad deportiva fue el resultado de la gestión liderada por Carlos Barato, quien ejerció como principal fundador y directivo. El proyecto adquirió los derechos de participación del equipo Atlético Juventud Girardot ante la División Mayor del Fútbol Colombiano, asegurando así su presencia en el campeonato de la Categoría Primera B. El equipo estableció temporalmente su sede administrativa y deportiva en el municipio de Soacha, Cundinamarca, estructurando una plantilla competitiva para debutar oficialmente en la temporada 2011.
Durante la temporada de 2013, Fortaleza Fútbol Club logró su primer ascenso a la Categoría Primera A tras tres años de participación en el campeonato de segunda división. El equipo, dirigido por el entrenador Hernán Pacheco, obtuvo el título del Torneo Finalización de la Primera B. Posteriormente, en la serie de promoción disputada en diciembre, Fortaleza superó al Cúcuta Deportivo tras ganar 2-0 en el partido de ida en el estadio Metropolitano de Techo y perder 1-0 en el estadio General Santander en el partido de vuelta. El marcador global de 2-1 le garantizó su ingreso a la máxima división.
En el año 2015, la estructura administrativa del club formalizó una alianza estratégica y deportiva con el Centro de Entrenamiento Integral para el Fútbol (CEIF), proyecto formativo fundado previamente por Carlos Barato. Como resultado de esta integración, la institución modificó su denominación a Fortaleza CEIF, centralizando sus operaciones formativas en el municipio de Cota. Deportivamente, el equipo consolidó esta reestructuración logrando su segundo ascenso a la primera división al finalizar la temporada de 2015. El club superó su cuadrangular semifinal de ascenso venciendo a rivales como Leones, Deportivo Pereira y Unión Magdalena.
A lo largo de la temporada 2022, el equipo dirigido por Nelson 'Rolo' Flórez registró su mejor participación histórica en la Copa Colombia. Fortaleza CEIF avanzó progresivamente en el certamen tras superar en fases eliminatorias a clubes de primera división como Cortuluá y Deportivo Cali. La campaña del equipo concluyó en la instancia de cuartos de final al ser eliminado por Millonarios FC (derrota 3-0 en la ida y derrota 3-2 en la vuelta). Este desempeño deportivo consolidó el proceso táctico del equipo que competiría por el ascenso al año siguiente.
En la temporada de 2023, Fortaleza CEIF obtuvo su tercer ascenso a la máxima categoría del fútbol profesional colombiano. El equipo mantuvo la dirección técnica del entrenador Sebastián Oliveros y lideró la tabla de reclasificación anual del torneo de la Primera B. Tras ganar su cuadrangular semifinal y obtener el campeonato del Torneo Finalización, la institución aseguró matemáticamente su cupo a la Primera División para la temporada 2024, ratificando su modelo deportivo basado en el desarrollo de jugadores formados en las divisiones inferiores del CEIF.