El representante de las montañas del sur del país. Con su título en 2006, demostró que el fútbol nariñense posee el coraje necesario para competir ante las potencias.
El 12 de octubre de 1949 se formalizó la fundación del equipo 'Oro Rojo' en la ciudad de San Juan de Pasto. La creación del club fue liderada por el periodista Miguel Humberto López Muñoz, quien obtuvo el patrocinio de una filial local de la empresa Bavaria. El objetivo principal era estructurar un equipo de fútbol competitivo para la región. Posteriormente, el club finalizó el patrocinio corporativo y modificó su nombre a Asociación Deportivo Pasto, adoptando los colores rojo, azul y amarillo de la bandera departamental y estableciendo su localía permanente en la capital nariñense.
En diciembre de 1998, Deportivo Pasto logró el campeonato de la Primera B, ascendiendo por primera vez a la máxima categoría del fútbol colombiano. El equipo, dirigido por el técnico Félix Valverde Quiñónez e integrado principalmente por jugadores de la región, finalizó en el primer lugar de los cuadrangulares finales. Este ascenso marcó el inicio del profesionalismo en primera división para el departamento de Nariño, integrando al estadio Departamental Libertad como plaza oficial de la Categoría Primera A.
El 25 de junio de 2006, Deportivo Pasto se coronó campeón del Torneo Apertura, obteniendo su primer título de liga en la primera división. Dirigidos por el técnico Oscar Héctor Quintabani, el equipo finalizó la fase regular y superó a sus rivales en los cuadrangulares semifinales. En la serie final frente a Deportivo Cali, el conjunto pastuso ganó 1-0 el partido de ida como visitante y empató 1-1 en el estadio Departamental Libertad, asegurando el campeonato oficial y su primera clasificación a la Copa Libertadores de América.
El 4 de diciembre de 2011, Deportivo Pasto ganó el torneo de la Primera B, regresando a la primera división tras su descenso en la temporada 2009. El equipo, bajo la dirección del técnico Flabio Torres, mantuvo el liderato a lo largo del año. En la serie final, enfrentaron a Patriotas de Boyacá, logrando el título mediante cobros desde el punto penal tras igualar en el marcador global. Esta victoria le permitió a la institución recuperar su cupo en la Categoría Primera A para la temporada 2012.
En el Torneo Apertura 2012, Deportivo Pasto alcanzó la final de la primera división apenas seis meses después de su ascenso. Manteniendo como director técnico a Flabio Torres, el equipo nariñense ganó su cuadrangular semifinal, superando a clubes de mayor presupuesto. En la serie definitiva, se enfrentaron a Independiente Santa Fe. Tras empatar 1-1 en el partido de ida en Pasto, perdieron 1-0 en el encuentro de vuelta disputado en el estadio El Campín de Bogotá, obteniendo el subcampeonato del torneo.