El primer equipo ajedrezado del país, radicado en Tunja. Bajo un modelo de gestión deportiva y empresarial privado, logró la hazaña de conquistar la liga en 2008.
El 26 de marzo de 2002 se formalizó la fundación del Bogotá Chicó Fútbol Club en la capital de la República. El proyecto deportivo fue estructurado y liderado por el exfutbolista Eduardo Pimentel, quien asumió el rol de fundador y máximo accionista, contando con la colaboración del también exfutbolista Wilmer Cabrera en la gestión inicial. El nombre del club se estableció en referencia al barrio Chicó, sector del norte de Bogotá donde Pimentel había residido durante su juventud. La institución ingresó directamente al torneo de la Categoría Primera B con el objetivo de lograr el ascenso al fútbol profesional de primera división.
En diciembre de 2003, el Bogotá Chicó Fútbol Club obtuvo el campeonato de la Categoría Primera B tras un año y medio de participación en dicho certamen. El equipo finalizó en la primera posición del cuadrangular final del torneo, superando a Pumas de Casanare en el partido decisivo disputado en el Estadio Alfonso López Pumarejo de la Ciudad Universitaria de Bogotá. La obtención del campeonato de segunda división le permitió al club ascender a la Categoría Primera A para disputar la temporada 2004 en la máxima división del fútbol colombiano.
En febrero de 2005, la junta directiva del club determinó el traslado administrativo y deportivo de la institución a la ciudad de Tunja. La decisión se tomó a raíz del acuerdo comercial alcanzado con el gobierno departamental de Boyacá, en respuesta a los bajos ingresos de taquilla y la ausencia de patrocinios durante su estadía en Bogotá. Como consecuencia del traslado, el equipo modificó su razón social a Boyacá Chicó Fútbol Club, asumiendo el Estadio de La Independencia como su sede oficial para ejercer la localía en los torneos profesionales de la Dimayor.
El 6 de julio de 2008, Boyacá Chicó logró el campeonato de la Primera División correspondiente al Torneo Apertura. El equipo, dirigido por Alberto Gamero, superó su cuadrangular semifinal y accedió a la final del campeonato frente al América de Cali. El partido de ida disputado en la ciudad de Cali terminó con empate 1-1, y el partido de vuelta en Tunja finalizó nuevamente 1-1 tras los noventa minutos reglamentarios. En la serie de cobros desde el punto penal, Boyacá Chicó obtuvo la victoria, asegurando el primer título de máxima categoría para el departamento de Boyacá.
Como resultado del campeonato obtenido en 2008, Boyacá Chicó obtuvo un cupo directo a la fase de grupos de la Copa Libertadores de América 2009, tras una breve participación previa en la fase previa del torneo en 2008. Durante la edición de 2009, el equipo integró el Grupo 7 junto a Gremio de Brasil, Universidad de Chile y Aurora de Bolivia. El club finalizó en la tercera posición de su grupo, obteniendo victorias en sus partidos como local frente a Aurora y Universidad de Chile. Esta participación constituyó el primer registro de la ciudad de Tunja como sede oficial en un torneo internacional oficial de la Conmebol.