El 8 de agosto de 1994 se constituyó formalmente la corporación de derecho privado Club Deportivo Universidad de Concepción. La fundación surgió como una iniciativa institucional, liderada por el entonces rector Augusto Parra Muñoz, con el objetivo de refundar las históricas actividades competitivas del antiguo Club Deportivo Universitario (activo entre las décadas de 1940 y 1960). El primer directorio general fue presidido por Marcos Israel Miles (miembro del Directorio de la Universidad), mientras que la naciente rama de fútbol quedó bajo la presidencia del profesor Rafael Ávila Bittner. Tras su estructuración administrativa durante el primer semestre de 1994, el equipo de fútbol fue aceptado como invitado para debutar en el campeonato nacional de la Tercera División ese mismo año, estableciendo su base deportiva en la capital del Biobío.
En la temporada de 1997, el equipo universitario se coronó campeón de la Tercera División de Chile. El club aseguró el título tras finalizar la competencia superando a instituciones como Barnechea y Unión San Felipe en la fase final. Este campeonato representó su primer ascenso oficial y marcó el ingreso definitivo del club al fútbol profesional chileno, integrándose al torneo de la Segunda División (Primera B) a partir de la temporada 1998.
Durante el campeonato de la Primera B del año 2002, el equipo logró asegurar su primer ascenso a la División de Honor del fútbol chileno. Finalizaron en la segunda ubicación de la tabla de posiciones con 57 puntos, por debajo de Deportes Puerto Montt, lo que les otorgó uno de los cupos de ascenso directo. El equipo debutó en la Primera División en la temporada 2003, logrando resultados que los posicionaron en los lugares de avanzada de la tabla.
El club obtuvo el título de la Copa Chile en dos oportunidades. En la edición 2008-09, se consagraron campeones tras derrotar a Deportes Ovalle por 2-1 en la final disputada en el Estadio Bicentenario Francisco Sánchez Rumoroso el 17 de febrero de 2009. Posteriormente, en el torneo de 2014-15, obtuvieron su segunda corona oficial al vencer por 3-2 a Palestino en el partido definitorio jugado el 28 de marzo de 2015 en el Estadio Fiscal de Talca.
En la temporada 2018 del torneo de Primera División, el equipo logró el subcampeonato tras finalizar en el segundo lugar de la clasificación con 58 puntos (17 victorias, 7 empates y 6 derrotas), registrando su mejor campaña histórica y quedando a tres unidades del campeón. El club registra un total de tres participaciones en la Copa Libertadores de América, correspondientes a las ediciones de los años 2004, 2018 y 2019, consolidando su presencia en competiciones internacionales.