El proceso de creación del club inició el 24 de enero de 1966 en la sede de la Asociación de Fútbol Amateur de Concepción, impulsado por dirigentes locales como Ramón Guerrero y el entonces alcalde de la ciudad, Marcos Ramírez, con el objetivo de conformar un representativo de la cuenca del Biobío en el profesionalismo. La institución se formó mediante la fusión de los clubes amateur Galvarino, Liverpool, Juvenil Unido y Santa Fe, sumando el respaldo deportivo y financiero del Club Deportivo Lord Cochrane. Bajo el nombre inicial de Deportes Concepción Unido (término que conservaron hasta el 2 de marzo de 1968), el club constituyó su primer directorio oficial el 15 de abril de 1966. En esa misma fecha, la Asociación Central de Fútbol aprobó su postulación y los aceptó formalmente para competir en el torneo de la Segunda División, estableciendo el 15 de abril como su aniversario oficial.
En su segunda temporada de existencia, el club obtuvo el campeonato de Segunda División de 1967. Finalizaron el torneo en la primera ubicación con 42 puntos, producto de 18 victorias, 6 empates y 2 derrotas en 26 partidos disputados, superando a Lota Schwager, que obtuvo 40 unidades. Este resultado les otorgó el ascenso directo a la Primera División del fútbol chileno, estableciendo un rápido posicionamiento del equipo en la categoría de honor, compitiendo como local en el Estadio Municipal de Concepción, conocido posteriormente como Collao.
Durante la temporada 1975, el equipo alcanzó el segundo lugar del torneo nacional de Primera División, registrando su posición más alta en el campeonato chileno regular. El club finalizó la temporada con 40 puntos en 34 partidos, quedando por detrás del campeón Unión Española, que registró 50 unidades. Esta campaña les permitió clasificar por primera vez en su historia a un torneo internacional oficial: la Copa Libertadores de América correspondiente a la edición de 1976, donde integraron el Grupo 4 junto a Palestino, y los clubes argentinos River Plate y Estudiantes de La Plata.
El club registró dos participaciones destacadas en el máximo certamen continental durante la era moderna. En la Copa Libertadores 1991, superaron la fase de grupos tras competir contra Colo-Colo, Liga de Quito y Barcelona de Guayaquil, avanzando a los octavos de final donde fueron eliminados por América de Cali (3-6 global). En la edición 2001, clasificaron tras obtener el subcampeonato del torneo nacional del 2000. Superaron la fase de grupos frente a San Lorenzo, Jorge Wilstermann y Nacional de Uruguay, alcanzando nuevamente los octavos de final, instancia en la que cayeron frente a Vasco da Gama de Brasil.
El 26 de abril de 2016, el Consejo de Presidentes de la ANFP desafilió al club del fútbol profesional debido a insolvencia financiera y deudas de su concesionaria. La administración fue asumida por el Club Social y de Deportes Concepción, entidad controlada por sus socios. En 2018 fueron aceptados en la Tercera División B (quinta categoría amateur). Tras obtener ascensos consecutivos, el 15 de diciembre de 2019 derrotaron a Deportes Limache por 3-2 ante 27.000 espectadores en el Estadio Ester Roa Rebolledo, asegurando su retorno al fútbol profesional al ascender a la Segunda División Profesional para la temporada 2020.