El Club de Deportes Coquimbo Unido nació oficialmente el 30 de agosto de 1958, producto del anhelo colectivo de dotar a la ciudad puerto de un representante en el fútbol profesional chileno. Su constitución legal se materializó mediante una solemne asamblea desarrollada en el salón de sesiones de la Ilustre Municipalidad de Coquimbo. Entre los principales firmantes, fundadores y visionarios destacaron ciudadanos ilustres como Alfredo Pugh, Oscar Suárez, Miguel Bauzá y Roberto Sievers, quienes firmaron la escritura pública ante el notario Juan Watkins O'Neill. La institución surgió como un proyecto integrador que heredaba la rica tradición futbolística amateur de la zona, adoptando de manera inmediata los icónicos colores amarillo y negro que identificarían para siempre la fiereza y el orgullo pirata de sus habitantes y trabajadores portuarios. Cuatro años más tarde, tras debutar en el profesionalismo, el equipo logró el anhelado y festejado primer ascenso a la División de Honor en 1962.
La temporada de 1991 marcó un antes y un después en la historia contemporánea de la institución. Bajo la visionaria conducción técnica del entrenador nacional José Sulantay, Coquimbo Unido desplegó uno de los sistemas de juego más modernos, vistosos y letales del fútbol sudamericano de aquella época, incorporando una presión alta asfixiante y transiciones supersónicas. En una extenuante temporada regular de 30 fechas, el equipo 'Pirata' logró una campaña extraordinaria finalizando en el segundo lugar de la tabla de posiciones con 39 puntos, alzándose con el histórico subcampeonato nacional y siendo superados únicamente por el mítico Colo-Colo (que en ese mismo año se consagró campeón de la Copa Libertadores). Esta campaña inolvidable cimentó a nivel nacional el prestigio del equipo porteño, convirtiendo al Estadio Francisco Sánchez Rumoroso en una fortaleza temida por todos los rivales del certamen y asegurando una histórica y primera clasificación a la arena internacional.
Fruto del espectacular subcampeonato obtenido en la campaña anterior, Coquimbo Unido irrumpió con orgullo en el escenario continental participando en la Copa Libertadores de América de 1992. El elenco aurinegro fue emparejado en el competitivo Grupo 1, un auténtico grupo de la muerte donde debieron medir fuerzas frente a los gigantes nacionales Colo-Colo y Universidad Católica, y los temibles conjuntos argentinos San Lorenzo de Almagro y Newell's Old Boys de Rosario (este último dirigido por Marcelo Bielsa y eventual finalista de esa edición). Aunque la experiencia internacional resultó extremadamente desafiante y el equipo no logró superar la fase de grupos, el puerto vivió jornadas imborrables y llenas de mística, como el histórico triunfo conseguido frente a la Universidad Católica por 3-2. El certamen continental otorgó un invaluable roce competitivo a una camada de jugadores que marcaron época en la cuarta región de Chile.
Al igual que los ciclos marítimos de su puerto, el club debió enfrentar la dolorosa caída a la Primera B tras varios años de agudas dificultades institucionales y económicas. Sin embargo, el arraigo irrenunciable de su ferviente hinchada (la popular 'Almirante Arturo Fernández Vial') sostuvo anímicamente a la institución durante los años oscuros en la categoría de ascenso. Tras un tortuoso transitar y habiendo perdido la final del ascenso directo años antes, la ansiada redención llegó de la mano del entrenador Héctor Tapia. El 13 de noviembre de 2021, en medio de una campaña cargada de emotividad y tensión extrema, Coquimbo Unido se consagró campeón absoluto del campeonato de la Primera B. En un épico encuentro decisivo como visitantes, derrotaron a Fernández Vial por 2-1 (con anotaciones de Leandro Garate), logrando el anhelado título con 55 puntos y sentenciando el merecido retorno de la institución pirata al sitial de honor de la Primera División.
La hazaña deportiva más grandiosa en la historia centenaria de la institución se escribió durante la extenuante y atípica Copa Sudamericana 2020. Bajo la batuta táctica del entrenador Juan José Ribera, el equipo pirata sorprendió a todo el subcontinente desarrollando una campaña épica e irrepetible. Contra todo pronóstico, eliminaron sucesivamente a Aragua de Venezuela, Estudiantes de Mérida, al encopetado Sport Huancayo de Perú y, en una dramática llave de cuartos de final, al poderoso Junior de Barranquilla colombiano (ganando 2-1 como visitantes). Alcanzaron las históricas semifinales del torneo para enfrentarse a Defensa y Justicia de Argentina. Debido a las estrictas restricciones sanitarias por la pandemia de COVID-19, la Conmebol obligó a los porteños a ceder su localía, disputando el partido de 'ida' en la neutralidad de Asunción, Paraguay, donde consiguieron un histórico empate 0-0. Aunque cayeron en la revancha por 4-2 en Buenos Aires, cerraron la mejor actuación internacional en la historia del fútbol de provincias en Chile.