S.V. Zulte Waregem es uno de los clubes participantes de la Jupiler Pro League de Bélgica.
El SV Zulte Waregem fue fundado oficialmente el 1 de julio de 2001 en la provincia de Flandes Occidental. La institución nació formalmente a partir de una fusión y saneamiento financiero de dos clubes históricos llamados K.S.V. Waregem (fundado en 1925, matrícula N° 4454) y Zultse V.V. (fundado en 1950, matrícula N° 5381). Los impulsores y dirigentes deportivos principales fueron Vincent Mannaert y Willy Naessens, adoptando la matrícula oficial N° 5381 de Zulte y uniendo el Regenboogstadion de Waregem con la prolija viabilidad económica de Zulte.
En la temporada 2004-05, apenas cuatro años después de la unificación deportiva e institucional, el SV Zulte Waregem se consagró campeón absoluto de la Segunda División de Bélgica (Tweede Klasse). De la mano del experimentado director técnico belga Francky Dury en su primera etapa en el banquillo, el club de Flandes Occidental acumuló un total de 73 puntos en 34 jornadas disputadas de liga (22 victorias, 7 empates, 5 derrotas) con un registro goleador de 71 tantos a favor y 35 en contra, logrando su histórico e inédito ascenso directo.
El 13 de mayo de 2006, en su temporada de debut absoluto en Primera División, el Zulte Waregem se consagró campeón de la Copa de Bélgica al imponerse al Excelsior Mouscron por un marcador de 2-1 en Bruselas, gracias a goles convertidos por Wouter Vandendriessche al 20' y 88' (el único gol de Mouscron fue autogol de Pieter Merlier al 21'). Esta hazaña le valió disputar la Copa de la UEFA 2006-07, donde asombró a Europa al superar la fase de grupos tras vencer 4-1 de visitante al Austria Viena y 3-1 de local al Sparta Praga.
En la temporada de la Pro League 2012-13, el Zulte Waregem disputó el título contra el Anderlecht en la última jornada de los play-offs (19 de mayo de 2013). Tras empatar 1-1 en Bruselas (anotación de Jens Naessens al 57' para Zulte y gol de Lucas Biglia al 59' para Anderlecht), la escuadra finalizó como subcampeón de los play-offs de campeonato en el segundo puesto con un total de 47 puntos, quedando a tan solo un punto del campeón Anderlecht (48 puntos).
El 18 de marzo de 2017, el Zulte Waregem conquistó la segunda Copa de Bélgica de su trayectoria liguera al imponerse en la final disputada en el Estadio Rey Balduino en Bruselas. Tras empatar 3-3 ante el K.V. Oostende en un emotivo encuentro de ida y vuelta que incluyó prórroga (goles de Leya Iseka al 21', Kaya al 35' y Madu al 73' para Zulte; y doblete de Dimata y gol de Canesin al 116' para Oostende), el equipo dirigido por Francky Dury se consagró campeón al imponerse por 4-2 en una dramática definición por tiros penales.