Club fundado en 2009 directamente por la corporación energética Red Bull GmbH, ascendiendo rápidamente a Primera División.
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Bajo la dirección técnica de Ralf Rangnick, el equipo finalizó en la segunda posición de la 2. Bundesliga durante la temporada 2015-16. Este logro completó un vertiginoso ascenso desde las ligas regionales, permitiendo al club alcanzar la máxima categoría del fútbol profesional alemán apenas siete años después de su fundación.
En su primera temporada en la 1. Bundesliga (2016-17), el equipo dirigido por Ralph Hasenhüttl completó una campaña histórica al obtener el subcampeonato con 67 puntos. Este sorpresivo rendimiento garantizó, además, la primera clasificación directa de la joven institución a la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA.
Dirigidos por el entrenador Julian Nagelsmann, el club alcanzó las semifinales de la Liga de Campeones de la UEFA 2019-20. Tras superar al Tottenham Hotspur en octavos y al Atlético de Madrid en cuartos de final, el equipo fue eliminado por el Paris Saint-Germain, consolidando su estatus competitivo a nivel europeo.
El 21 de mayo de 2022, la institución conquistó el primer título de primer nivel en su historia al consagrarse campeón de la Copa de Alemania (DFB-Pokal). En la final disputada en el Estadio Olímpico de Berlín frente al SC Freiburg, el equipo logró imponerse por 4-2 en la tanda de penales tras igualar 1-1 en el tiempo reglamentario.