Equipo clave en el desarrollo del fútbol moderno alemán, fundado en 1948 y primer campeón del formato actual de la Bundesliga.
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El 12 de mayo de 1962, la institución conquistó el primer campeonato nacional de su historia. En la final disputada en el Estadio Olímpico de Berlín frente a más de 82.000 espectadores, el equipo de Colonia derrotó con autoridad al 1. FC Nürnberg por 4-0, marcando el inicio de su época de mayor protagonismo.
En la temporada inaugural de la 1. Bundesliga (1963-64), el formato profesional recientemente establecido en el fútbol alemán, el club se consagró como el primer campeón histórico. El equipo dominó el torneo finalizando en la primera posición con 45 puntos, destacándose como la escuadra más regular del naciente certamen.
Bajo la dirección técnica del entrenador Hennes Weisweiler, la institución completó la temporada más exitosa de su historia al adjudicarse la 1. Bundesliga por diferencia de goles sobre el Borussia Mönchengladbach, y, de forma simultánea, conquistar la Copa de Alemania (DFB-Pokal) al vencer al Fortuna Düsseldorf en la final.
El club alcanzó la instancia definitiva de la competición continental superando importantes eliminatorias. En la final disputada a doble partido frente al Real Madrid, el equipo de Colonia cayó por 5-1 en el encuentro de ida en España y logró una victoria por 2-0 en el partido de vuelta en el Estadio Olímpico de Berlín, obteniendo el subcampeonato europeo.