Club local ascendido progresivamente desde las ligas regionales hasta la élite moderna del fútbol alemán.
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Con el objetivo de cumplir con las normativas requeridas para participar en las ligas profesionales del fútbol alemán, el departamento de fútbol se separó formalmente de la asociación polideportiva Heidenheimer SB (Heidenheimer Sportbund). Esta escisión legal dio origen a la actual entidad independiente, el 1. FC Heidenheim 1846.
Bajo la dirección técnica de Frank Schmidt, quien asumió el cargo inicialmente de forma interina, el equipo se consagró campeón de la Regionalliga Süd. Este título permitió al club obtener el ascenso directo a la recientemente creada 3. Liga, estableciéndose oficialmente en el ámbito del fútbol profesional alemán.
El 19 de abril de 2014, tras completar una campaña regular sobresaliente, el club aseguró matemáticamente el campeonato de la 3. Liga con varias jornadas de anticipación al igualar ante el SV Elversberg. Este logro garantizó el primer ascenso histórico de la institución a la segunda división del país.
En la última jornada de la temporada 2022-23 de la 2. Bundesliga, el equipo protagonizó una dramática remontada. Tras marcar dos goles en tiempo de descuento (minutos 93 y 99) para vencer por 3-2 al Jahn Regensburg, el club se coronó campeón de la categoría, asegurando su debut absoluto en la élite del fútbol nacional.