Club obrero fundado en 1904 bajo el amparo logístico y deportivo de la empresa Bayer AG.
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Tras décadas compitiendo en el sistema de ligas regionales y amateur de Alemania Occidental, el club aseguró el campeonato de la 2. Bundesliga Norte. Este logro determinó su primer ascenso a la 1. Bundesliga, categoría en la que el equipo se ha mantenido ininterrumpidamente desde la temporada 1979-80.
Bajo la dirección técnica de Erich Ribbeck, la institución conquistó su primer título internacional. En una disputada final a doble partido frente al RCD Espanyol, el equipo logró igualar la serie (3-3 en el global) tras revertir una desventaja inicial de tres goles, imponiéndose finalmente en la tanda de penales disputada en el estadio Ulrich-Haberland.
El 12 de junio de 1993, el Bayer Leverkusen obtuvo el primer gran trofeo doméstico de su historia al consagrarse campeón de la Copa de Alemania. El equipo se impuso en la final disputada en el Estadio Olímpico de Berlín al derrotar por 1-0 al conjunto aficionado del Hertha BSC gracias a una anotación del delantero Ulf Kirsten.
Con Xabi Alonso como entrenador, la institución registró la mejor temporada de su historia institucional. El club se consagró campeón de la 1. Bundesliga por primera vez, logrando el hito inédito en el fútbol alemán de terminar el campeonato regular sin registrar derrotas. Días más tarde, sumaron la Copa de Alemania (DFB-Pokal) para consolidar el doblete doméstico.